Nous virus donen pistes sobre l’origen del SARS-CoV-2

Coronavirus descoberts en ratpenats de Laos tenen una sorprenent capacitat d’infectar cèl·lules humanes i una alta semblança genètica amb el virus del covid-19

El ratpenat de ferradura pigmeu (Rhinolophus pusillus) conté virus semblants al SARS-CoV-2.
Carl Zimmer
05/11/2021
6 min

Nova YorkL’estiu del 2020, mig any després de l’inici de la pandèmia de coronavirus, un grup de científics es van desplaçar als boscos del nord de Laos per caçar ratpenats que poguessin allotjar cosins propers del patogen. En la foscor de la nit, van capturar els animals que sortien de coves de la zona amb xarxes atrapaboires i paranys de lona, en van recollir mostres de saliva, orina i femta, i després els van tornar a deixar lliures.

Els exàmens van revelar que les mostres fecals contenien coronavirus. Tres dels coronavirus de Laos presentaven característiques infreqüents: tenien un ganxo molecular a la superfície molt semblant al del virus causant del covid-19, el SARS-CoV-2. Com en el SARS-CoV-2, el ganxo d’aquests coronavirus els permetia fixar-se a les cèl·lules humanes. “És encara millor que les primeres soques del SARS-CoV-2”, comenta Marc Eloit, viròleg de l’Institut Pasteur de París i màxim responsable de l’estudi, en referència a la capacitat d’adherir-se a les cèl·lules humanes dels coronavirus de Laos. Els científics van posar l’estudi a disposició del públic a través d’internet fa un mes i encara no s’ha publicat en cap revista científica.

La descoberta ha suscitat molt de debat entre els viròlegs. N’hi ha que sospiten que aquests virus afins al SARS-CoV-2 ja infecten éssers humans ocasionalment i provoquen només brots lleus i limitats. No obstant això, si es donessin les circumstàncies propícies, els patògens podrien ocasionar una pandèmia equiparable a la del covid-19, afirmen els experts.

Preveure futures pandèmies

Les conclusions del treball també tenen implicacions importants per al tens debat sobre els orígens del SARS-CoV-2. S’ha especulat sobre la impossibilitat que desenvolupés la seva gran capacitat d’infectar les cèl·lules humanes de manera natural a través del salt zoonòtic d’un animal. Les constatacions de l’estudi, tanmateix, suggereixen el contrari. “Això acaba amb totes les teories segons les quals aquest virus havia de ser una creació o fruit d’alguna manipulació en un laboratori per tenir una capacitat tan gran d’infectar els humans”, afirma Michael Worobey, un viròleg de la Universitat d’Arizona aliè a l’estudi.

Aquests virus de ratpenats i més d’una desena més que s’han descobert en els últims mesos a Laos, Cambodja, la Xina i Tailàndia també podrien servir per anticipar pandèmies futures. Els arbres genealògics dels virus aporten indicis sobre les soques potencialment perilloses i quins animals caldria examinar per trobar-les.

Per trobar altres parents propers del SARS-CoV-2, els experts en virus de la fauna salvatge van examinar els congeladors on guardaven mostres de tot el món. Van identificar uns quants coronavirus semblants procedents de la Xina meridional, Cambodja i Tailàndia. La majoria tenien els ratpenats com a hostes i uns quants els pangolins, uns mamífers coberts d’escates. Cap no presentava un vincle de parentiu més estret amb el SARS-CoV-2 que el RaTG13.

El Dr. Eloit i el seu equip, per la seva banda, es van mobilitzar per descobrir nous coronavirus. Es van desplaçar al nord de Laos, a uns 240 km de la mina on els investigadors xinesos havien trobat el RaTG13. Al llarg de sis mesos, van capturar 645 ratpenats pertanyents a 45 espècies diferents. Els animals allotjaven més d’una vintena de coronavirus diferents, tres dels quals eren sorprenentment semblants al SARS-CoV-2, en particular pel que fa al domini d’unió al receptor, el ganxo que els permet unir-se a les cèl·lules. Mentre que en el RaTG13, 11 dels 17 components clau del domini són idèntics als del SARS-CoV-2, en els tres virus de Laos el nombre de components idèntics era de 16, el màxim grau de semblança detectat fins ara.

El Dr. Eloit especula sobre la possibilitat que algun d’aquests coronavirus sigui capaç d’infectar els humans i causar una malaltia lleu. En un altre estudi, el seu equip va examinar mostres de sang de persones que es guanyen la vida collint guano de ratpenat a Laos. Tot i no presentar indicis d’haver contret el SARS-CoV-2, eren portadors de marcadors immunitaris (anticossos) aparentment originats per un virus similar.

Linfa Wang, un viròleg molecular de la Facultat de Medicina de la Universitat Duke-Nacional de Singapur que no ha participat en l’estudi, coincideix en la possibilitat d’una infecció, atès que els virus descoberts recentment es poden fixar amb força a una proteïna de les cèl·lules humanes anomenada ACE2. “Si el domini d’unió al receptor és capaç d’unir-se a l’ACE2, aquestes bestioles són perilloses”, comenta el Dr. Wang.

El poder de la recombinació

Paradoxalment, alguns altres gens dels tres virus de Laos estan més allunyats del SARS-CoV-2 que altres virus dels ratpenats. Aquest mosaic genètic és degut a la complexa evolució dels coronavirus. Si un ratpenat infectat amb un coronavirus contreu un segon coronavirus, és possible que tots dos es trobin en una sola cèl·lula. Quan la cèl·lula replica cadascun dels virus, els gens d’un i altre es barregen i donen lloc a nous híbrids dels virus.

En els coronavirus de Laos, aquesta barreja de gens els ha dotat d’un domini d’unió al receptor molt semblant al del SARS-CoV-2. L’intercanvi genètic original va tenir lloc fa cosa d’una dècada, segons una anàlisi preliminar de Spyros Lytras, un estudiant de postgrau de la universitat escocesa de Glasgow. Actualment Lytras i els seus companys duen a terme una comparació entre el SARS-CoV-2, i no només els virus de Laos, sinó també altres d’estretament emparentats que s’han descobert en els últims mesos. Els científics estan trobant més indicis que apunten a un procés de barreja de gens. El procés, conegut com a recombinació, podria estar modificant els virus any rere any. “La importància de la recombinació és cada cop més evident”, explica Lytras. Ell i el seu equip estan confeccionant els confusos arbres evolutius dels virus semblants al SARS-CoV-2 a partir d’aquestes noves constatacions. El descobriment de més virus podria ajudar a aclarir el panorama, però la comunitat científica està dividida respecte a on buscar-los.

El Dr. Eloit és del parer que la millor aposta és la zona que engloba l’indret on els seus col·legues van trobar els tres coronavirus, així com la mina propera de Yunnan on es va collir el RaTG13. “Diria que la regió principal correspon al Vietnam, el nord de Laos i el sud de la Xina”, comenta el Dr. Eloit.

La iniciativa DEEP VZN, el projecte del govern nord-americà de descobriment de nous virus, podria revelar l’existència d’un o més virus semblants al SARS-CoV-2 en aquesta regió. Un portaveu de l’USAID, l’organisme nord-americà d’ajuda al desenvolupament que finança el projecte, ha assenyalat el Vietnam com un dels països on se centrarà la cerca i els coronavirus com una de les seves grans prioritats.

De l’Índia fins a Indonèsia

Altres científics creuen que és preferible buscar parents del SARS-CoV-2 en llocs més allunyats. El Dr. Worobey de la Universitat d’Arizona apunta que s’han trobat coronavirus dels ratpenats amb segments afins al SARS-CoV-2 a la Xina oriental i Tailàndia. “La recombinació ens està demostrant clarament que aquests virus formen part d’un sol patrimoni genètic que s’estén per centenars i centenars -si no milers- de quilòmetres”, comenta Worobey.

Colin Carlson, biòleg de la Universitat de Georgetown, sospita que hi podria haver algun virus capaç de provocar un brot de contagis semblant al de covid-19 en indrets encara més allunyats. Els ratpenats de regions tan a l’est com Indonèsia i tan a l’oest com l’Índia comparteixen molts trets biològics amb els portadors del SARS-CoV-2, assenyala el Dr. Carlson. “No és un problema exclusiu del Sud-est Asiàtic”, adverteix el científic. “Aquests virus són molt diversos i més cosmopolites del que ens pensàvem”.

L’interès per l’origen de la pandèmia ha fet que es pari una atenció renovada a les mesures de seguretat que s’apliquen en l’estudi de virus potencialment perillosos. Segons un portaveu de l’USAID, per aconseguir finançament del projecte DEPP VZN, els científics han de presentar un pla de bioseguretat amb activitats de formació per als operaris, instruccions sobre el material de protecció per a les operacions de camp i mesures de seguretat al laboratori.

El fet que els científics trobin més parents propers del SARS-CoV-2 no implica que representin una amenaça mortal. Podrien no ser capaços de propagar-se als humans o, com especulen alguns científics, provocar només brots poc importants. Només es coneixen set coronavirus que hagin saltat d’una espècie a una altra per esdevenir patògens humans consolidats. “És probable que hi hagi una gran quantitat de coronavirus que no acabin anant enlloc”, diu Jessica Metcalf, ecòloga evolutiva de la Universitat de Princeton.

Tot i això, la recombinació podria convertir un virus que no comporta perill en una nova amenaça. El maig passat uns investigadors van informar que dos coronavirus que infecten els gossos s’havien recombinat a Indonèsia i havien donat lloc a un híbrid que van contraure vuit infants. “Si un coronavirus al qual s’ha fet un seguiment des de fa dècades i que pensem que només poden agafar els animals domèstics pot fer el salt, ja ho hauríem d’haver vist a venir, oi?”, planteja el Dr. Carlson.

El cosí del SARS-CoV-2 que se'n va separar fa 40 anys

Fa unes setmanes el govern dels Estats Units va anunciar un projecte dotat amb 125 milions de dòlars per identificar milers de virus salvatges a l’Àsia, l’Amèrica Llatina i l’Àfrica i determinar-ne el risc de salt zoonòtic. El Dr. Marc Eloit, de l’Institut Pasteur de París, calcula que hi ha molts més parents del SARS-CoV-2 per descobrir. “Jo pesco amb mosca -explica-, i quan no aconsegueixo pescar cap truita, no vol pas dir que no hi hagi truites al riu”.

Quan es va descobrir el SARS-CoV-2, el parent més proper que se li coneixia era un coronavirus dels ratpenats que uns investigadors xinesos havien trobat el 2016 en una mina de la província de Yunnan, situada al sud de la Xina. El virus, conegut com a RaTG13, té un 96% del seu genoma en comú amb el SARS-CoV-2. A partir de les mutacions de cadascun dels virus, els científics han estimat que tots dos virus comparteixen un ancestre que va infectar els ratpenats fa uns 40 anys.

Tots dos virus infecten les cèl·lules servint-se d’un ganxo molecular anomenat “domini d’unió al receptor” que els permet fixar-se a la seva superfície. El ganxo del RaTG13 està adaptat per enganxar-se a les cèl·lules de ratpenat. Per aquest motiu, només es pot adherir amb poca força a les cèl·lules humanes. El ganxo del SARS-CoV-2, per contra, es pot aferrar a les cèl·lules de les vies aèries humanes amb fermesa, el primer pas cap a un cas potencialment mortal de covid-19.

Copyrigth: The New York Times

Traducció: Ingasi Vancells

stats